Departamenti i Programit udhëhiqet nga Koordinatori i Programit. Koordinatori i Programit zëvendëson Drejtorin në rast mungese dhe ushtron detyrat të cilat Drejtori i bart në pajtim me Statutin e IGJK-së. Detyrat dhe përgjegjësitë kryesore të Departamentit të Programit janë:
Hartimi i politikave, strategjive dhe planeve për arsimim ligjor dhe zhvillim efikas të sistemit gjyqësor e prokurorial, në kuadër të funksioneve të AD-së,
Hartimi dhe zbatimi i programeve trajnuese për arsimim ligjor, në kuadër të funksioneve të AD-së,
Zhvillimi, koordinimi, organizimi dhe mbikëqyrja e punës rreth zbatimit të funksioneve të AD-së, të përcaktuara me ligj dhe statut.
Identifikimi i problemeve në zbatimin e ligjeve nga ana e gjyqtarëve dhe prokurorëve,
Dhënia e rekomandimeve, udhëzimeve dhe opinioneve ligjore, institucioneve me rastin e hartimit dhe ndryshimit të ligjeve,
Bashkëpunimi me institucione të tjera të nivelit qendror dhe lokal për krijimin e infrastrukturës së duhur ligjore,
Përgatitja për publikim i doracakëve udhëzues dhe dokumenteve të tjera që mbështetësin punën e gjyqtarëve dhe prokurorëve,
Organizimi i aktiviteteve jashtë vendit për ngritje të kapaciteteve të gjyqtarëve dhe prokurorëve,
Zhvillimi i metodologjisë së trajnimeve dhe organizimi i trajnimeve për trajnues.
Departamenti i Programit ka këtë strukturë organizative:
Drejtori i Zyrës së Programeve Trajnuese,
Trajnues i përhershëm nga radhët e shërbyesve civil,
Trajnues i përhershëm nga radhët e gjyqtarëve dhe prokurorëve,