Organi më i lartë i Akademisë së Drejtësisë është Këshilli Drejtues, përgjegjësitë e të cilit janë paraparë me ligj.
Këshilli Programor është organ profesional i cili angazhohet për të siguruar cilësi për trajnimet e ofruara nga Akademia.
Drejtori i Akademisë udhëheq Akademinë e Drejtësisë dhe është përgjegjës për administrimin, menaxhimin e përgjithshëm dhe ligjshmërinë e punës së Akademisë.
Aktualisht Akademia e Drejtësisë ka këtë strukturë të brendshme organizative.
