Këshilli Programor është organ profesional i cili angazhohet për të siguruar cilësi për trajnimet e ofruara nga Akademia.

Këshilli Programor përbëhet prej shtatë (7) anëtarëve, të cilët i emëron Këshilli Drejtues, nga radhët e gjyqtarëve, prokurorëve të shtetit dhe ekspertëve tjerë.

Mandati i anëtarëve të Këshillit Programor, me përjashtim të drejtorit ekzekutiv, është katër (4) vite me të drejtë rizgjedhjeje edhe për një mandat.

Kryesuesi i Këshillit Programor është ex officio Drejtori Ekzekutiv i Akademisë.

Për punën e tij Këshilli Programor i raporton Këshillit Drejtues

Këshilli Programor në bazë të ligjit ka këto kompetenca:

• harton propozim programin e trajnimeve të Akademisë në bashkëpunim me KGJK në dhe KPK-në;
• përcjell realizimin e programeve dhe suksesin e tyre;
• jep orientime për avancimin e metodave dhe teknikave trajnuese, pavarësisht dhe në bashkëpunim me trajnuesit dhe mentorët;
• jep mendim, për listën e trajnuesve dhe mentorëve;
• jep këshilla, propozimeve dhe sugjerimeve, organeve të Akademisë për përmirësimin e kualitetit të trajnimeve;
• kryen edhe punë tjera të përcaktuara me këtë ligj dhe akte nënligjore të Akademisë.

Anëtarët e Këshillit Programor janë: ​

• Enver Fejzullahu, Drejtor Ekzekutiv, Akademia e Drejtësisë;
• Mejreme Memaj, gjyqtare e Gjykatës Supreme të Kosovës;
• Nora Bllaca Dula, gjyqtare në Gjykatën e Apelit të Kosovës;
• Lumnije Krasniqi, gjyqtare në Departamentin e Përgjithshëm-Divizioni për Çështje Penale në Gjykatën Themelore në Prishtinë;
• Atdhe Berisha, gjyqtar në Departamentin e Përgjithshëm të Gjykatës Themelore të Prizrenit;
• Agim Kurmehaj, Kryeprokuror i Prokurorisë Themelore në Pejë;
• Arbëresha Raça-Shala, Prokurore në Prokurorinë Themelore në Prishtinë.