Këshilli Programor është organ profesional i cili angazhohet për të siguruar cilësi për trajnimet e ofruara nga Akademia.

Këshilli Programor përbëhet prej shtatë (7) anëtarëve, të cilët i emëron Këshilli Drejtues, nga radhët e gjyqtarëve, prokurorëve të shtetit dhe ekspertëve tjerë.

Mandati i anëtarëve të Këshillit Programor, me përjashtim të drejtorit ekzekutiv, është katër (4) vite me të drejtë rizgjedhjeje edhe për një mandat.

Kryesuesi i Këshillit Programor është ex officio Drejtori Ekzekutiv i Akademisë.

Për punën e tij Këshilli Programor i raporton Këshillit Drejtues

Këshilli Programor në bazë të ligjit ka këto kompetenca:

• harton propozim programin e trajnimeve të Akademisë në bashkëpunim me KGJK në dhe KPK-në;
• përcjell realizimin e programeve dhe suksesin e tyre;
• jep orientime për avancimin e metodave dhe teknikave trajnuese, pavarësisht dhe në bashkëpunim me trajnuesit dhe mentorët;
• jep mendim, për listën e trajnuesve dhe mentorëve;
• jep këshilla, propozimeve dhe sugjerimeve, organeve të Akademisë për përmirësimin e kualitetit të trajnimeve;
• kryen edhe punë tjera të përcaktuara me këtë ligj dhe akte nënligjore të Akademisë.

Anëtarët e Këshillit Programor janë: 
​

·         Enver Fejzullahu, Drejtor Ekzekutiv i AD-së (Ex officio Kryesues i Këshillit Programor)

·         Mejreme Mema, Gjyqtare në Gjykatën Supreme

·         Nora Bllaca Dula, Gjyqtare në Gjykatën e Apelit

·         Atdhe Berisha, Gjyqtar në Gjykatën Themelore Prizren

·         Sebahate Sinani, Prokurore në Prokurorinë e Apelit

·         Arbëresha Raça Shala, Prokurore në Prokurorinë Speciale

·         Besim Kusari, Koordinator i komisioneve të përhershme në KPK